L’année est 2029. Dans un Japon du futur proche, le monde est devenu hautement intensif en information, porté par un vaste réseau d’entreprises qui couvre la planète, où pulsent les électrons et la lumière. Pourtant, l’État-nation et les groupes ethniques survivent encore.
Motoko Kusanagi, un cyborg au corps entièrement cybernétisé, dirige une unité de combat d’élite, comprenant notamment Batou. Tout en commandant son équipe, Kusanagi envisage la création d’une force d’intervention spécialisée pour frapper de manière préventive les menaces émergentes. Pendant ce temps, Daisuke Aramaki, du ministère des Affaires intérieures, qui prévoyait de créer une unité similaire, recrute Kusanagi et son équipe. Ensemble, ils lancent les opérations de la Section 9 de la Sécurité Publique — une unité tactique offensive connue sous le nom de « Shell Squad ». Alors qu’ils sont confrontés à des cybercrimes complexes et à des conspirations internationales, l’existence d’un mystérieux hacker non identifié, connu sous le nom du « Marionnettiste », émerge à l’horizon de leur enquête.
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